V januári 1990 sa názov školy zmenil na Základnú umeleckú školu Vrútky. Stalo sa tak z dôvodu reformy spoločnosti a reorganizácie školstva. Tieto zmeny prispeli k novým formám umeleckých aktivít. Zmenila sa koncepcia a model vyučovania, pričom základné umelecké školy predstavujú prvý stupeň v hierarchii umeleckého a umenovedného typu škôl, ktorý má pokračovanie na stredných a vysokých umeleckých školách.

Vo funkcii riaditeľky školy naďalej pôsobí Edita Nemcová, ktorej kolektív školy v tých hektických časoch vyjadril plnú dôveru. E. Nemcová pripravila podmienky na otvorenie literárno – dramatického odboru, čím sa v nasledujúcom roku dosiahol cieľ projektu, polyestetický charakter školy, v praxi premietnutý do podoby štyroch odborov. V školskom roku 1990/1991 začína naplno pracovať literárno – dramatický odbor, škola má 466 žiakov a stala sa prvou plnoorganizovanou školou v okrese Martin.

V júni 1991 Edita Nemcová ukončila svoje úspešné pôsobenie vo funkcii riaditeľky školy. Na vrútockej škole pôsobila od skončenia svojich štúdií na pedagogickom

oddelení Hudobnej školy v Žiline roku 1957. Počas svojho pôsobenia cieľavedomou a systematickou prácou rozširovala hudobný odbor o nové oddelenia, založila tanečný a literárno – dramatický odbor. Jej zásluhou sa triedy ZUŠ stali špecializovanými, technicky a materiálne vybavenými učebňami. V tomto roku funkčné pôsobenie ukončila aj zástupkyňa riaditeľa Mgr. Libuša Turicová. Školu navštevovalo 540 žiakov.

V školskom roku 1991/1992 nastúpilo nové vedenie školy. Do funkcie riaditeľa školy bol ustanovený Mgr. Vladimír Krátky a do funkcie zástupkyne riaditeľa školy Anna Kubindová.

Vladimír Krátky absolvoval vrútockú ĽŠU – hru na akordeóne a výtvarný odbor. Študoval na FF UPJŠ v Prešove. Na vrútockej škole pôsobí od roku 1984. Venuje sa grafike, maľbe, keramike. Vystavoval v Česku, Rusku, Ukrajine, Poľsku, Holandsku, Maďarsku, Francúzsku, Nemecku a Japonsku. Je členom Umeleckej besedy Slovenska, je zakladateľom celoslovenskej súťažnej prehliadky Malé grafické formy.

Od nástupu Mgr. Krátkeho do funkcie riaditeľa školy začali sa realizovať úpravy priestorov školy z finančných prostriedkov sponzorov a rodičovskej organizácie. Riaditeľ školy zaviedol do praxe myšlienku podchytiť talentované deti i mimo Vrútok v turčianskych obciach, v ktorých boli vytvorené elokované pracoviská hudobného a výtvarného odboru. Postupne sa otvárali jednotlivé detašované pracoviská, škola sa rozrastá, počet žiakov stúpa. Idea riaditeľa školy podchytiť čo najviac talentovaných detí v regióne a vytvoriť elokované pracoviská korešponduje s Weimatskou deklaráciou Európskej únie hudobných škôl /EMU/ V školskom roku 1994/95 stúpol počet žiakov na 965 a škola sa stáva najväčšou školou v okrese Martin. V roku 1996 schválilo Ministerstvo školstva SR učebné plány pre všetky odbory ZUŠ. Tieto plány boli inovované v roku 2004 a podľa týchto normatívnych pedagogických dokumentov sa riadi vyučovanie v škole od 1. IX. 2004.

V školskom roku 1998/1999 boli prvýkrát v histórií školy udelené Plakety školy za vynikajúce výsledky v jednom školskom roku a cena riaditeľa školy za vynikajúce výsledky počas celého štúdia. Cenu riaditeľa ako prvý získal absolvent školy Dalibor Karvay, ktorý záverečným koncertom 27. júna 1999 ukončil štúdium na ZUŠ.

V roku 1994 ukončila prácu vedúcej hudobného odboru Anna Podolayová, jej miesto prevzala Katarína Thron .Počet žiakov ZUŠ vo Vrútkach sa už každoročne pohyboval okolo počtu 1000. Preto, keď v roku 2002 odchádza A. Kubindová do dôchodku, menuje riaditeľ školy do funkcie zástupcu riaditeľa dve učiteľky: Mgr. Silviu Vidlárovú a Katarínu Thron. Vedúcou hudobného odboru bola menovaná M. Kevická.

V roku 2006 ukončila svoje pôsobenie na škole Katarína Thron a na miesto zástupkyne riaditeľa školy bola menovaná Mária Kevická. Vedúcou hudobného odboru sa stala Jana Jamborová.